农村自建房离婚时可以分割。依据《民法典》，夫妻共同财产应协议处理，协议不成由法院判决，未及时分割可能导致权益受损。
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农村自建房离婚分割方式有协议和诉讼两种。双方应首先尝试协议分割，无法达成一致时再通过诉讼解决，法院将依据法律规定判决。
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农村自建房离婚可分割。操作如下：1. 尝试协议分割，双方协商确定房屋归属及补偿；2. 协议不成，向法院提起诉讼，由法院根据财产情况判决；3. 无论哪种方式，都应确保分割过程合法、公正，保护双方权益。