公司选择用三个人的不同银行卡发工资，可能因跨行转账增加工作量且易出错。依据《劳动法》，公司应按时支付工资，但统一银行卡可简化流程，减少跨行手续费和财务核对难度。若不统一，将增加财务负担，降低工作效率，且可能出现转账错误，影响员工工资正常收取。
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公司用不同银行卡发工资，处理如下：1.若员工银行卡不统一，公司需分别转账，增加跨行手续费和财务工作量；2.统一银行卡后，公司可简化转账流程，减少出错率；3.同时，便于财务部核对账目，提高管理效率；4.若遇员工无统一银行卡，应沟通协商，提供必要协助，确保工资顺利发放。
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处理此类情况，公司通常要求员工统一银行卡。这样做既减少了跨行转账的手续费，又提高了财务处理效率。选择时，应考量银行的服务质量、网点覆盖及员工便利性，综合决定最优方案。