法律分析：通常情况下，工厂搬迁后，单位和员工协商解除合同的，那么单位要按员工在本单位的工作年限支付经济补偿。因工厂搬迁，约定的工作地点发生变化，但员工不愿意随迁的。也就是合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，导致劳动合同无法履行，经单位和员工协商，无法就变更内容达成一致意见的，可以解除劳动合同。单位要给员工进行补偿。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十条有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：(一)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的;(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的;(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
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员工与公司因履行劳动合同发生纠纷，双方可以协商解决，也可以请求工会或者本单位劳动争议调解委员会调解，协商和调解不成，申请劳动争议仲裁；也可以直接申请劳动争议仲裁。
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劳动者和用人单位存在劳动合同纠纷，劳动者可以到用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护合法权益。